Катипунан был тайной организацией по типу масонской— с паролями, псевдонимами и ритуалом посвящения. Каждый вступавший кровью вписывал свое имя в списки. Катипунан возглавлял Андрее Бонифасио, известный в истории как «великий плебей», ибо был выходцем из низов. Почетным президентом Союза был объявлен Рисаль. Рисаль никогда не был революционером, но его идеи привели филиппинцев на баррикады. Катипунан быстро рос, черпая резервы из рабочих предместий столицы. Вскоре в его рядах было двадцать тысяч человек.
В Маниле назревало восстание. Бонифасио шлет к Рисалю на Минданао гонца, предлагая возглавить движение. Однако Рисаль, помня трагедию в Кавите и не веря в победу безоружного народа, отказывается. Тогда Бонифасио возглавил восстание сам. 23 августа 1896 года в местечке Пугад-Лавин состоялся исторический сбор Катипунана. Перед тысячью «катипунерос» с пламенной речью выступил Бонифасио.
— Братья! — сказал он.— Поклянемся свергнуть правительство, не считающее нас за людей. Отныне мы не подданные испанского короля, мы — граждане свободной Филиппинской республики.
Сказав это, Бонифасио разорвал налоговую карточку — седул, которую испанцы выдавали вместо паспортов. Вслед за ним то же сделали все собравшиеся. Через минуту земля была усеяна клочками разорванных седулов. Шлюзы народного гнева открылись: «Да здравствуют свободные Филиппины!»— скандировали тысячи голосов.
Так началась революция, сбросившая более чем трехвековой гнет испанцев.
Хотя Рисаль в революции не участвовал, власти решили судить его как идейного «вдохновителя». Когда пришел приказ об аресте, Рисаль плыл на корабле в Испанию, чтобы оттуда уехать в качестве врача на Кубу. Его арестовали и под конвоем препроводили в Манилу для расправы. Скорым и неправедным был суд. 29 декабря Рисалю прочли приговор: «Расстрелять!» Семеро священников, сменяя друг друга, уговаривали его покаяться, но он оставался непоколебим. Во время последнего свидания с матерью и сестрами Рисаль тайно вместе с вещами передал в лампе-спиртовке стихи «Прощание с родиной», написанные им в ночь перед казнью. На рассвете 30 декабря его расстреляли.