Родился Рисаль 19 июня 1861 года в городе Каламба. Его отец, дон Франсиско, был человеком состоятельным. Семья жила в каменном доме — одном из четырех в городе. Писать стихи мальчик начал рано. В стихотворении «Родной язык» он называл родным не испанский, а тагальский — тот, что слышал из уст няни-айи, тот, на котором дома говорили отец и мать.
Рисаль не раз испытал на себе презрительное отношение колонизаторов к «индио» (так тогда называли филиппинцев). В детстве он был избит испанским офицером за то, что прошел не поклонившись. Другое оскорбительное событие произошло в университете. В поэтическом турнире студентов, шедшем без указания имен, стихи Рисаля были признаны лучшими. Когда же на сцену для получения награды поднялся не испанец, а «индио», его освистали. Однако такое «признание» не охладило юношу, он продолжал писать, высмеивая в стихах «достопочтенных просветителей»— грубых, ленивых и невежественных монахов.
В двадцать шесть лет Рисаль написал свой знаменитый роман «Ноли метангере» — «Не прикасайся ко мне». Отец героя романа, честный человек, умирает в тюрьме, куда он попал по ложному доносу испанского монаха. Сын, жаждущий восстановить честное имя отца, тоже попадает за решетку. Его невеста, не выдержав испытаний, заболевает и уходит в монастырь. Нет, невозможно счастье в стране, где «добро растоптано в дорожной пыли».
Монахи объявили Рисаля еретиком, дом его разграбили, родных арестовали, а книгу потребовали сжечь. Можно сжечь рукопись, но нельзя убить идею: книга продолжала жить. Отпечатанную в Берлине, ее тайно привозили в Манилу и под угрозой тюрьмы читали.
В это время Рисаль находился в' Испании. Он прекрасно понимал, какой прием ждет его дома. И все-таки вернулся. В Маниле он создал «Филиппинскую лигу» — первую политическую организацию. И хотя целью ее было проведение мирных реформ, этого оказалось достаточно, чтобы власти арестовали Рисаля и выслали на Минданао. Во время ссылки Рисаля Лига раскололась. Из нее вышло левое крыло — Катипунан — «верховный и достопочтимый Союз сынов отечества», который решил не выпрашивать свободу, а взять ее оружием.