Кроме эксплуатации населения доходы испанцам приносила галионная торговля: восточные купцы привозили в Манилу товары и продавали китайским иммигрантам, испанцы перекупали у них эти товары и отправляли на судах (галионах) в Европу. Галионы вывозили чай, специи, шелк, золото, табак, а возвращались груженные солдатами, монахами и чиновниками.
Вообще торговля, особенно с Китаем, Индией, Индонезией, сыграла в истории архипелага важную роль. Филиппинцы торговали с Китаем еще в IX веке. У китайцев они научились плавке металлов, производству пороха. Жители юга свободно торговали с соседними странами. Монополизировав внешнюю торговлю, Испания нарушила веками складывавшиеся связи. Именно это послужило причиной начала «войны моро», принявшей форму священной борьбы с «неверными»— католиками. Война креста и полумесяца длилась три века, была жестокой и кровопролитной, поскольку обе стороны защищали «истинную веру». Моро совершали опустошительные пиратские набеги на северные районы: грабили города, сжигали посевы, уводили в плен людей. Борьба с пиратами, объявленная церковью, стала по существу войной с мусульманским югом. В XVII веке испанцам удалось выстроить на Минданао форт Пилар для защиты города Замбоанга от пиратов, но дальше продвинуться в глубь острова и распространить свое влияние они не смогли. Лишь к середине XIX века удалось сломить сопротивление моро. Однако настороженность к центральному правительству в Маниле осталась на юге и сегодня. В этом немалая «заслуга» колонизаторов, считавших моро «диким, диким народом» и тем самым усугубивших неприязнь мусульман к христианам севера.